1、FGD系统若不设旁路烟道挡板，在实际运行中有可能使部分净烟气重新吸入FGD 系统或原烟气直接排入烟囱。如果FGD对脱硫效率要求不是很高（如国内某些电厂）可以不设旁路挡板，但对脱硫效率要求高的FGD系统，则旁路挡板的设置就显得十分必要的。
2、旁路烟道内若不设旁路烟气挡板，在实际运行中必须将FGD进口和出口侧的烟气压力差调节为“零”，才能保证FGD的全烟气脱硫，而在FGD运行中始终保持这种状态而没有偏差，控制上是有难度的，特别是烟气工况发生波动（这是比较正常的现象）时控制更难实现。
3、若FGD系统中不设置旁路挡板，在选择升压风机容量时就要考虑一定的余量，则升压风机的造价及运行成本就要增加。
4、FGD装置启停时，烟气需走旁路，旁路挡板按要求打开，FGD进、出口挡板同时关闭，这种情况下，旁路挡板可通过控制开度使其与FGD进、出口挡板的启闭协调进行，而不至于出现由于两路烟道阻力不同对锅炉炉膛负压产生明显影响，引起锅炉MFT的情况。
